当然淮海行中书省还有军事机构，按照郑絪的说法，那便是“武毅军宣抚司”，其中设都知宣抚兵马使一位，副兵马使两位，负责统军征伐事，又设宣抚行军左右司马，负责驻屯、操练、掌印、钱粮事；而镇戍军则由“镇戍司”所统，设镇戍使一人，副使一人，掌印行军司马一人。而原本高岳幕府三衙诸司诸色人，全部并入到宣抚司和镇戍司机构当中。
“行中书省制，军政事务由中书侍郎平章事与佐貮参知政事圆议，而后由衙司和其他各司施行，剑南、淮南等大镇设行中书省中书侍郎，稍次的镇则为行中书省门下侍郎，再次则为行中书省参知政事，天下行中书省由此分为三等，不知陛下认为稳便否？”叙述完毕后，郑絪就问皇帝，到底稳不稳，便不便。