科学院讲学的地方暂设于崇祯朝国子监内，不过如今的国子监已经更名为“京师大学堂”，在这儿读书的大多数是原来长沙大学堂的学生，也有一部分是今年科考收录的“贡士”。
和京师大学堂一门之隔的就是以前孔庙所在，不过如今的“孔庙”已经不叫孔庙，而是叫作“文庙”。
最开始的时候，有人提出了拆除孔庙的建议，认为大兴军无论得国还是治国，都与孔子代表的“儒家”没有多大关系，而且孔子的直系后人——前明崇祯朝衍圣公孔胤植屈膝降清，在文人士子中起了非常坏的带头作用，因此他们坚决反对尊孔崇儒，要求汉王下令拆除孔庙。
但反对者则认为孔庙是整个中华文化的象征，而不单单是孔家一家的事情，若是拆除了孔庙，中华礼仪之邦更是没了信仰。
众大臣经过了几日辩论，却仍然谁也说服不了谁，但提出拆除者的明显占了上风，因为他们的理由更为充足——孔子后人奴颜媚骨，没有气节，不能代表中华礼仪文化。
自汉唐以来，孔子的嫡系后裔一直受朝廷封赏不断，直至宋朝封孔子后人为世袭罔替的“衍圣公”，并出资修建了规模仅次于皇宫的曲阜孔府之后，孔家才确立起了“中华第一家”的地位。
老赵家对孔家可以说不是一般的好，但靖康之耻后赵宋被金人赶到南方，孔府便立即派出孔端操向金朝大表忠心，继续受封衍圣公。
数十年后，蒙古兴起，覆灭金夷，在衍圣公孔元用的率领下，孔府审时度势，又毫不犹豫地倒向了忽必烈。为表孔氏效忠之心，孔元用亲率族人加入元军，清剿汉人“反贼”，“不幸”死于军中。
孔元用死后，孔元措一系乘机夺权，孔家内部为了衍圣公称号展开了争夺，孔元措的子侄们为了能争夺到“衍圣公”的头衔，全都跑到忽必烈面前邀功争宠，忽必烈看着孔子后人们的这番丑态，哈哈大笑着回应道：“尔等皆回，务要竭力苦读，若果有才华，朕方能封官”。
“衍圣公”之争持续数代，最后蒙元仁宗判孔元措一系为正溯，孔元用一系彻底败北，孔府派人觐见忽必烈，跪请他为“儒教大宗师”。
神州陆沉，汉人成了四等人做了亡国奴，孔家却反而受宠，依然是享受荣华富贵。
明太祖朱元璋起兵反元建立明朝，孔家再一次及时倒戈，衍圣公亲自进京觐见朱元璋。朱元璋虽然鄙视孔家的“气节”，但也深知孔子这块招牌对维护统治的妙用，故而继续封其为“衍圣公”。
明中期以后，对孔子的尊崇到了顶点，衍圣公官爵也从四品升为一品，为当时文官之首。孔家享有免赋税、免徭役的特权，而且“曲阜知县，孔家世职”，连曲阜县令都是世袭，实际上，朝廷将整个曲阜县都封赏给了孔家。
崇祯朝时孔府衍圣公孔胤植更是被加封为太子太保和太子太傅，可谓是“君恩重如山”。
然而，孔家人是天生的软骨头。崇祯末年闯王李自成大军攻进山东，虽然离曲阜还很远，但孔府立即令人供奉大顺国永昌皇帝龙位，并献马献银，跪纳印信。
可是没过多久，满清又入关了。
崇祯十七年，福临在燕京登基称帝，而被崇祯帝册封的第六十四代衍圣公孔胤植立即便在第二天上书清廷称臣。
他在上给顺治的《初进表文》中，不顾廉耻地谀颂鞑子“承天御极，以德绥民”、“六宇共戴神君”、“八荒咸歌圣帝”、“山河与日月交辉”、“国祚同者韩并永”，还诚惶诚恐地自称“臣等阙里坚儒，章健微末，曩承列代殊恩，今庆新朝盛治，瞻学之崇隆，趋距恐后”云云。
这真是人儒士为之蒙羞！
这还没完，不久清廷颁布《剃发令》，江阴、嘉定、扬州等地到处是宁愿断头也不剃发的百姓。反倒是孔府大摆香案，举行了隆重的剃发仪式，令族人剃发易服。
大兴军收复南京时，孔胤植已经死去，“衍圣公”一爵由其子孔兴燮承袭，孔兴燮派人到南京上表请降，李元利不为所动，连见都没有见孔府来人。
九月，大兴军进山东曲阜，依法例没收孔家历代朝廷赏赐以及巧取豪夺而来的数千顷良田，并以“卖国罪”杀了孔兴燮，孔家后人全部被贬为平民并迁出孔府，分散迁往云贵广西烟瘴之地，世袭“衍圣公”就此断绝。
若是在其它时候，此举必定会引得天下士人口诛笔伐。但这个时候，有气节的读书人都被鞑子杀了个七七八八，剩下来的也都对孔家降清大为鄙视不满，而那些无骨气降清的文人又都是大兴军清算诛杀的对象，因此孔家被清算，竟然没有引起一点风波。
“拆庙派”理由充足，坚持要拆掉孔庙，“反对派”逐渐支持不住，但在这个时候，李元利却站出来说了一个折衷之法：不拆孔庙，但将之改为文庙。
孔庙原本就又被称为文庙，里面供奉的也不止孔子一人，还有数十位他的门人弟子及其他先贤先儒，将其拆除确实不妥，改为文庙而不独尊孔是最好的办法。
孔庙改名之后，李元利又令人将其中供奉的孔子门人弟子全部拆去，儒家只留孔子一人，另外再加上庄子、孟子、荀子、墨子、孙子、管子、韩非子、鬼谷子等诸子，以示他对诸子百家一视同仁，并不独尊儒家。
事实上，现在的京师大学堂中儒学也只是其中的一门学科，而且大兴军的科举制