圣柜之事解决了，接下来就到亚人的事情了，只要让亚人离开元星，元星就能恢复和平，现在第一个亚人就在叶云的旁边，所以这一趟他们几乎可以说是万无一失。
然而，事情却出乎了叶云的预料，加斯在得知圣柜也就是二型文明的事情解决了之后却并不愿意带着阿萨人离开，毕竟他们现在还未找到合适的星球，况且宇宙太过辽阔，谁也不知道离开了元星之后会遇到什么，以他们现在的科技，离星际航行还是有所差距的。
加斯不愿带阿萨人离开，还想彻底统治元星，这帕克斯自然不会答应，毕竟在帕克斯看来，他们虽然是由人类结合科技培育出来的，但他们依然是由人类胚胎生长而成，只不过是后天利用了一些药剂跟科技手段，这才得以拥有漫长的寿命，但本质上他们依然是人类，从他们自称阿萨人就能看出，因此帕克斯他并不想让阿萨人跟普通人类彻底决裂。
加斯虽然是帕克斯复活的，但他毕竟是一个ai，他思考的方式跟人并不相同，他在被复活之后就没有了人的感情，现在的他一切都只靠数据说话，因此，在计算出由亚人统治元星更为有利于文明的发展之后，他接管了阿斯嘉特的控制权，企图困住叶云他们，就连知道了加斯只是个人工智能的古瑞德都拒绝了执行这个命令，不过加斯拥有控制纳米装甲的能力，因此古瑞德直接就被他控制住了。
不过可惜，在阿斯嘉特重型武器不能使用的情况下，仅凭一两架纳米尖兵根本就不是叶云的对手，对叶云他们出手的加斯仅仅坚持了三秒就被叶云冰封了。
虽然叶云没有直接干掉加斯，但帕克斯却还是将加斯重启了，而重启之后的加斯已经不能算是加斯了，现在的他虽然还拥有加斯的记忆，但在重启之后他就只是一个叫做加斯的人工智能而以，一个只会听从命令行事的人工智能。
一个星期之后，古瑞德成为了阿萨人的五大长老之一，顶替了加斯的位置，他将带领阿萨人离开元星，进入茫茫宇宙当中寻找属于阿萨人的家园，而阿萨人当中，除了瑞，帕克斯跟赫雅之外，只有海拉留了下来，因为她要留下来寻找消失了的托瑞斯，而亚人驾驶着方舟离开元星之后，阿斯嘉特就成为了联合军的总部。
联合军入住阿斯嘉特之后，凭借阿萨人留在阿斯嘉特的科技跟武力很快就掌控了整个元星，而掌控元星之后联合军第一条命令就是停止采集塔的运转，并开始治理元星的生态，现在整个元星的生态因为阿萨人之前不计后果的开采，已经变得异常恶劣，如果不治理的话，用不了多久元星的生态就会崩溃。
当然，这些都跟叶云无关，他对元星上的这些事都不感兴趣，他现在正忙着让赫雅帮他升级魔幻手机跟打造属于他的纳米核心呢，毕竟魔幻手机的本体就只是一部普通的手机，他现在已经渐渐用不上了，而现成的纳米盔甲他又不想用，毕竟他是修炼之人，直接将核心植入这样的方式并不适合他，所以要修改一下。
在赫雅帮叶云升级魔幻手机的硬件并修改纳米盔甲的设定时，叶云也带着米娅他们离开了联合军，他之前就答应过米娅他们要带着他们去找他们的族人的，现在终于闲下来了，自然不能食言。
叶云记得原剧中米娅他们族人所在的地方其实离联合军的分部基地并不远，一个就是在基地外群山的某个紫雾区中，他们依靠变种人不惧紫雾的特点，从紫雾区当中找到了一个类似于台风眼的安全地带，从新修建了村子，不过叶云也记得，变种人的族长已经投靠黄昏组织了，而黄昏组织就是一开始运送瑞那艘飞船的亚人舰长。
叶云收走圣柜的事情除了联合军的夏克以及叶云他们几个当事人之外，并没有其他人知道，因此叶云估计，黄昏组织跟金蝰蛇应该都还在打它的主意，而现在阿萨人已经离开，知道圣柜所在的就只有瑞他们几个了，当然，叶云知道，他也是这些人的目标之一，因为蓝雀就联系过他好几次。
想到这里，叶云忽然觉得自己很笨，为什么自己要去找呢？既然变种人的族长跟黄昏组织有联系，那他直接等他们上门，然后去问不就行了？还傻乎乎的去找。
想明白这一层关隘的叶云虽然依然带着米娅他们在紫雾区外寻找，但却暗中发出消息，自己找到了圣柜的线索，而黄昏组织想要得到圣柜这个无尽的能源，因为黄昏组织的老大霍伊以为圣柜其实就是用来控制戴森球的（用来包裹恒星开采恒星能的人造天体），而金蝰蛇的罗烈则认为圣柜拥有让人起死回生的能力，但是可惜，圣柜其实是元星远古文明离开之后留下来守护元星的装置，隔断恒心能源就是为了避免呢元星出现太高等级的文明，而纳米核心就是用来守护圣柜的，只不过不知道发生了什么原因，圣柜的防御系统出现了问题，导致了原本跟地球类似的元星出现了如此巨大的改变。
剧中霍伊就亲自启动了他以为是戴森球的圣柜，而圣柜启动之后直接放出了遮天蔽日的紫雾，遮蔽了恒星的光芒，让元星陷入了黑暗当中，启动他的霍伊也成为了圣柜清除前来阻止他的瑞的武器，最后还是瑞融合了海拉，古瑞德，曼德斯他们的核心，然后在糖心他们的帮助下才打败了复制了他所有数据的复制品，不过可惜圣柜当时已经启动，因此瑞他只能将自己当成容器，复制了圣柜的数据