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日本宽永十四年秋，岛原半岛和天草群岛出现大范围饥荒，颗粒无收，饿殍遍野。
守护代松仓氏的家督松仓胜家，仍按旧例征收年贡，缴纳不足者便要处死，多地农民被逼的走头无路，天草时贞了解的那名死在水牢中的女子，只是众多惨案中不起眼的一例罢了。
当最后一名传教士被烧死后，整个九州岛，陷入了一片恐慌，官府逼迫的越紧，人们反而愈加信奉起天主教来。
在这种形势下，天草时贞根据天主教义，开始重新编写适合日本国情的教义，这位原名叫作夏天的大明人，为了替死去的千名同乡报仇，将自己的身份忘掉，转而投入到利用宗教信仰激起民怨的事情上。
当人挣扎在生死边缘之时，更愿意相信人人平等这种教义，天主信仰开始重新传播。
八月十九日，松仓氏的一名家将在一处村庄中征收年贡时，引发暴动，被饥饿的村民所杀。
八月二十日，该村一百六十七人，被松仓胜家派来的军队屠杀殆尽，怒火之下，附近几个村庄也无一幸免。
八月二十七日，岛原城外，七百零三名天主教徒被活活烧死，尸体化为炭灰，这七百多人被烧死的地方每到夜间便会传来隐约的哭声，被称为“鬼地”。
九月十三日，天草时贞编写的新教义在教徒中广为流传，教义中有天草时贞加进去的一个故事，“庆长十八年夏，一名神父在被迫离开日本时曾预言：“25年后当出现一位天童，是上帝再世，精通教义，谙魔法，他一定会拯救你们。””，人民根据这段故事的指引，开始汇聚在天草时贞周围，能控制的力量逐渐增强。
十月初一，岛原一名农民角藏，接受教义，渡过鬼池前往天草郡，拜访了天草时贞，被授称号修道士，负责在岛原传教。
十月十七日，角藏、三吉全家十八口被守护代的代官林兵右卫门杀死，一时间，怨声载道。
十月二十日，岛原有马村爆发一揆，林兵右卫门家中被愤怒的农民冲进，当场打死，上千名暴民攻占武器库，抢了兵器将松仓氏本城岛原城围住。
十月二十七日，在天草时贞带领下，天草群岛也爆发土一揆，与岛原义军遥相呼应，大量信奉天主教的浪人和武士开始加入。
十一月十四日，唐津藩的代官三宅重利被义军杀死，富冈城被围。
得知岛原叛乱，幕府急调重兵前往围剿，两处义军合二为一，样死原城城主小岛五兵卫，退守原城。
原城本为废城，但城墙土垒尚属坚固，义军据城而守，成功打退幕府两次进攻，第三次攻城时，幕府将领板仓重昌身中流矢而死，幕府军大败。
得知板仓重昌死讯，重伤中的德川家光大为恼怒，派老中松平伊豆守信纲前往九州统帅各路诸候联军，剑圣宫本武藏随军。松平信纲到来之后，仅仅是派大军将原城团团围住，却一直按兵不动。
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原城，天草时贞见到了一位意想不到的客人。
“早就听说义军领袖年青有为，又用兵如神，原来是你啊。一年没见，居然成了教主，其它乡亲呢？”钟子悦爽朗的笑着，一把搂住夏天的肩膀。
“哪有什么用兵如神，”夏天自嘲的笑了笑，“只不过比他们把人更不当人看罢了。”
顿了片刻，夏天再度开口，“除了你我，这次来到日本的同乡，全部死了。”
“谁干的？”钟子悦闻言陡然皱眉。
“这人你也知道，就是把我们从中原骗来日本的大名，萨摩藩主岛津忠恒。”夏天眼中闪过恨意，“我宣扬天主教，组建义军，为的便是替死去的那些同乡报仇，此刻城外便有岛津的军队，可惜这老家伙没来。”
钟子悦点点头，举目东望，伸手拍了拍夏天，“我不懂打仗，这次本来目的是要会一会宫本武藏的。留在这里也帮不了你什么忙，不过岛津忠恒那个老家伙，就交给我了。”
夏天知道钟子悦的本事，见他答应，也高兴起来，转头看见钟子悦身后的那名女子，笑道“怎么，不给我介绍介绍？”
钟子悦有些尴尬，自从上次睡梦发现吉川缨子赤身伏在自己身上之后，两人的关系便一直不清不楚，一时间倒是不知如何开口。
“我叫吉川缨子，是钟大哥的……侧室。”吉川缨子脸色微红，上前一步低声说道。
钟子悦并没料到吉川缨子会这么说，但是仔细想了想，既然事情已经发生，也许做个侧室便是最好的结果了，看样子自己要找个时间娶她了。
回想起来，还真是有点……莫名其妙！
“原来是嫂子”夏天大笑，“我叫夏天，也是大明人。当然，这件事你说出去也不会有人信，因为我现在的身份是益田好次过继给天草甚兵卫的儿子，叫天草四郎时贞。”
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钟子悦和吉川缨子在原城留宿一夜，第二天，从水路离了原城。
当日午时，剑圣宫本武藏被一名满头红发的神秘男子袭击。二人在联军营地五里外大打出手，这场不为人知的比斗中，宫本武藏被神秘男子掷出的石块击中胸口，然后男子大笑着扬长而去。
宫本武藏受伤后，离开联军返回江户，一心钻研武学，七年之后，在他六十岁时才终有所获，将二刀流完善，称为“二天一流”。而那名被称为赤发影魔的青年，却再也没有在宫本武藏的生命中出现过。
第二年