要说单凭这一点，还不足以让他担心，毕竟苏州城的乱已沉阿难治多年，单靠一把倚天剑，一个理财的文官是难以治理好的，他相信只要控制商业，苏州就还在他的手中。要说，这一点他看得很准，在海上贸易的巨大利益下，越来越多的商贾加入海上，不经如此，许多大胆的百姓也开始冒险出海，因此有官儿上书，说苏州之地，百姓本以为本业为孳孳，亦可谓地无废，人无游手者矣。然其谷亦不加多，往者海道通行虎门，无阻，闽中白艚、黑艚盗载谷米者岁以干余艘记，甚为广人大患。今也边禁既严，艚船稀至，而天下游食奇民，日以辐辏，若士宦，若工商，若卒徒白抢，若倡优游媚，增至数干百万，咸皆以东粤为渔肉，恣其噬吞，如蝼蚁之附膻，蚕之食叶，斯亦已耳；谷之所由以空乏，不其然欤？地虽膏腴，而生之者十三，食之者十七，奈之何而谷不仰给于西粤也？以他看这番话儿并不为过，巨大的利益，足以让商人做百姓，百姓做商人，足以让好好一个繁华的苏州城，闹得一发不可收拾，成为一个乱摊子？“
好情况从今年的九月开始发生转变，先是况钟在苏州做了一件大事，是清理漕运中的混乱现象。所谓“漕运”，就是把江南地区的粮食通过大运河运到北京，供应北京皇室、厐大的官僚系统和人数众多的士兵的需要。除了食用的需要以外，当时官员的薪俸和士兵的供给，也主要是用粮食，因此。漕运能否及时供应，交通能否畅通，就成为皇朝的一件大事。从江南运送漕粮路途遥远，不可避免有大量损耗，这些损耗也要农民缴足，还要动用大量船只、马匹和人工。就成为加在江南地区农民身上的沉重负担。
况钟经过认真考察，发现整个漕运系统运作十分混乱。没有标准的计量工具，收粮的粮长常用“大斗进小斗出”的办法进行贪污；没有规定的储粮场所，粮食储放在粮长家里；也没有规范的收运记录，完全是一笔糊涂帐；粮食保管和运输中出现的损耗，由农民加耗，却没有合理的标准。加耗甚至超过了正赋；这种情况极大地方便了粮长和一些吏员的贪污。农民提供的人役负担很重，有些农民在长途运输到北京，到春耕时期还来不及回家，严重影响了春耕生产。知府况钟在巡抚周忱查清了这些情况，提出了多项应对方案：一是请巡抚周忱申请工部颁发“铁斛”，建立标准的量器，防止在量器上出现的弊端。