由于编纂的时间太仓促，缺乏顺帝时代的资料，全书没有完成，于是派欧阳佑等人到全国各地调集顺帝一朝资料，于洪武三年二月六日重开史局，仍命宋濂、王祎为总裁，率领赵埙，朱右、贝琼等十五人继续纂修，经过一百四十三天，七月初一书成，增编顺帝纪十卷，增补元统以后的《五行》、《河渠》、《祭祀》、《百官》、《食货志》各一卷，三公和宰相表的下卷，《列传》三十六卷，共计五十三卷。然后合前后二书，按本纪、志、表、列传厘分后，共成二百一十卷，也就是现在的卷数。两次纂修，历时仅三百三十一天。
元朝虽不足一百年，但怎么也说也是大一统的王朝，且疆域辽阔，若是从成吉思汗算起，其实时间也不算太短，这样的一个王朝，修的史书竟用了不足一年的时间，其中的记录可想而知了，明显是太仓促了，做得不够细腻，更别说，这本史书是在迎合朱元璋要求的前提下编修的，光是史官就有好几波，宋濂倒也罢了，人家毕竟是正儿八经的文学之士，可朱元璋为了彰显自己求才若渴，征来山林隐逸之士汪克宽、胡翰、赵埙等十六人参加纂修，这些的才学着实让人怀疑，事实证明，《元史》因为时间仓促，编纂人数太多，导致许多不足之处，就资料而言，在长期战乱之后，史籍散失很多，一时难以征集，很难完备，已经收集到的资料，限于翻译条件，也没有得到充分利用。如《元朝秘史》以及元朝的蒙古文典籍、档案等等，都是很大的缺憾。所指出的问题主要是：随得随抄，前后重复，失于剪裁；又不彼此互对，考定异同，时见抵牾。如本纪或一事而再书，列传或一人而两传。同一专名，译名不一。史文译改，有时全反原意。沿袭案牍之文，以致《河渠志》、《祭祀志》出现了耿参政、田司徒、郝参政等官称而不记其名。又据案牍编宰相年表，仅删去其官衔而不予考订，以致有姓无名。
《元史》列传照抄碑志家传之类，取舍不当之处甚多。改写纪年的干支，竟有误推一甲子六十年的情况，使史实完全错乱。史料中没有具体庙号的皇帝，改写时弄错的例子甚多，如将tai祖误为太宗，太宗误为tai祖，宪宗误为世祖，世祖误为宪宗等。纂修人对前代和元朝蒙古族的制度也不熟悉，如宋朝各州另有军号、郡名，《地理志》述沿革，却写成某州已改为某军、某郡之类。又如蒙古各汗的斡耳朵，汗死“其帐不旷”，由后代后妃世守以享用其岁赐，《后妃表》编者竟据此名单列为某一皇帝的妻妾。如此等等。所以清人钱大昕嘲笑“修《元史》者，皆草泽腐儒，不谙掌故”，因此下笔“无不差谬”。清代汪辉祖的《元史本证》指出《元史》中三千七百多余项错误。例如：《元史》中存在有一人两传的缺失，如速不台与雪不台本是一人，完者都与完者拔都是一人，石抹也先与石抹阿辛是一个人，《元史》中都列有两传。再者，译名不一，如八思巴，又译八合思八、巴思八、八合斯巴等。种种问题不胜枚举，让人望而生畏。
便是有明朝第一才子美誉的解缙，在奉成祖皇命的情况下，只是对《元史》做了修改，他写了《元史正误》一书。后来，参加纂修《元史》的朱右又写《元史拾遗》，许浩作《元史阐微》等，都是对《元史》的订正和补充，并没有实质性的进展，如今让自己来修编这样一套漏洞百出的史书，那还不是要了小命，再说了他也不想做个皓首穷经的儒生，这样的工作，一年两年是做不出来成果，万一耗上了一辈子，那可是大大的划不来？如其陷进去，还不如干脆退出来。
此话一出，听得“噗嗤——？“正喝汤的胡滢又是一口鱼汤喷了出来：”这人老子莫非有问题不成？“
于谦也暗暗嘀咕道：“旁人羡慕都羡慕不来，这个杨兄弟可好，竟不愿去，这人比人可不是气死人？“
杨士奇倒是不急不躁的看了一眼杨峥，对这个结果似有预料，心道：“皇帝果然最了解杨小弟的人，竟如此细心到让老夫提前来说一声，若不然等改日在朝堂被这么一拒绝，皇帝该是多没面子啊，呵呵一笑，问道：”杨小弟可是有什么顾虑？“
杨峥嘿嘿一笑，道：“杨大哥是博学之人，难道还用小弟说明么？“
杨士奇点了点头道：“《元史》由于编修时间仓促，而且出于众手，使它不可避免地存在许多不足之处，历来就遭到学者们的非难。但杨小弟只看到了坏处，却没看到坏到了极致，就是好处了？”
杨峥实在想不出修出这样一本史书能有什么好处，哦了声道：“这个小弟还真不知？“
杨士奇哈哈一笑道：“以杨小弟的聪明才智，不是不知，而是不愿意知道而已，《元史》固然有不少缺点，但比起其他正史，因为它多照抄史料，所以保存了大量原始资料，使它具有比其他某些正史更高的史料价值，如元代的十三朝实录和《经世大典》已经失传，其部分内容赖《元史》得以保存下来。《元史》的本纪和志占去全书一半，而本纪占全书近四分之一，《文宗纪》竟多达一年一卷。有人批评它不合定例，不知芟削。然而这种作法却起到保存上述失传史料的作用。列传部分，由于元代史馆的资料就不完备，汉族文人常有碑传可资参考，而一些蒙古名臣往往无从搜寻，因此立传有详于文人，略于蒙古将相大臣的