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兵器局里一片忙碌景象，朱由校只带了几个随从从侧门而入，找到孙元化时，他正在和方以智争吵。原来方以智在造纸作坊里改进了造纸流程后，又被朱由校派到了兵器局。方以智在兵器局后，被分到朱之瑜研究蒸汽船的那一组里。在试过两次蒸汽船后，他便向孙元化提要求，想要自己重新开组，专门试验蒸汽船。
孙元化自然无不允许，因为这是兵器局里的传统，只要你有新想法，便给你机会去试验。孙元化给方以智找了十来个工匠，一万块钱，便让他自己去实验。不想方以智实验了三个月，造出了几个奇形怪状的铁皮船，度不会比朱之瑜的快，却花掉了两万块钱。
方以智第一次要求追加投资，孙元化给他加了五千块，第二次又加了五千块。现在方以智要求再加两万块，这就惹怒了孙元化。你一点成绩都没作出来，竟然过预算百分之百，还要再加百分之两百，天下哪有这样的道理。你四万块钱用完，最后剩下一堆废铁，兵器局也不好交待呀。所以坚持要方以智退出这个项目，方以智不干，所以两人吵了起来。
两人见到朱由校都是大喜，一起向着皇帝诉苦。朱由校摆摆手道：“一起说朕如何听得明白，一个一个说。孙卿你先说。”
孙元化便将方以智的实验过程说了一遍道：“陛下，我们兵器局一直以来都是按陛下所说，进行严格的成本控制。陛下说过，我们要允许失败，但如果一个实验方向经过长期的实验还得不到相应的成果，便应该主动放弃，臣便是按这个原则，想要让方同学停止这个方向的研究，可他非说自己就要成功了，而我们又看不到他要成功的迹象呀。”
方以智道：“陛下，学生每进行一次实验，便否定了自己的一个想法，这样就会使得学生离成功越来越近。学生计算过，最多再追加两万，不，四万块钱，臣便可以做出比朱师兄更快的铁皮船。”
孙元化笑道：“幸亏我没有答应你的两万块钱，你看你又提出了四万块钱。其实你自己也不确定四万块钱能不能造出来是吧。说不定四万块钱用完，你又说要十万，兵器局是有钱，但总不能把钱都砸在你一个人身上吧。”
方以智面孔微红，他不再说话，却满怀希望地看着皇帝。
朱由校问道：“孙卿，现在朱之瑜的船可以达到什么度了。”
孙元化喜道：“陛下，朱之瑜已经让船达到了一小时十五里，是平水度不是顺水度。方以智说能够达到朱之瑜的两倍度，可是现在最多只能达到一小时十三里，比朱之瑜的度还要低两里。”
方以智见势不妙，连忙说道：“陛下，您可说过，失败是成功之母呀。”
朱由校明白，方以智即使是向专利局申请，也是不可能得到四万块钱的投资的，想要兵器局继续向方以智的项目注入资金，那会让其他的研究者觉得不公平。而自己对方以智却又有一种莫名的信心，因为历史已经证明了他的天才性。
他笑了笑道：“兵器局有规定，没有产出的项目是不可能再三追加资金的，这规定朕也是没有办事改变的。”
方以智面色一暗，他自己也知道，孙元化两次给他追加资金，其实已经是过了对一般项目的支持力度，自己确实用了额的资金，却没有取得相应的成果。
朱由校却接着说道：“规定当然没有办法改变，不过朕很是看好方卿的这种锲而不舍的精神，所以朕想到了一个折衷的方案。”
方以智眼睛一亮，只听朱由校继续说道：“为了帮助象方卿这样的研究者，朕准备设立大明皇家科学基金会，这个基金会可以提供足够的研究资金，而不会硬性规定有多少投入必须有产出。”
孙元化道：“陛下，这样会造成大量的浪费的。”
朱由校笑道：“申请这个基金时必须将自己的研究思路写成报告，然后由专门的委员会来评审，决定是否提供资金，朕任这个评审委员会的主席，先生和孙卿，毕卿，茅卿一起任评审委员。而且得到研究资金的研究员所取得的专利必须归基金会所有。”
方以智毫不犹豫地说道：“陛下，只要学生能得到资金，愿意放弃专利所有权。”
朱由校点头道：“这些专利要根据其情况，来决定无偿公开还是只授予专门的制造机构。象与军事有关的专利，就只能授予兵部和兵器局才行，民用的专利倒是可以无偿公开。”
孙元化道：“陛下，臣倒是觉得，无偿公开不如收取少量专利费用，皇家提供资金，总也要有些收入，这样才能资助更多的研究。”
朱由校接受了孙元化的建议，基金会的设立显然不是一日可成，但方以智所需要的研究资金朱由校一下子就拔给他五万元，不过要求方以智必须将支出详细列出，最后上交给基金委员会。
方以智喜滋滋地出去后，朱由校便问起了轴承的事，孙元化道：“上次陛下说过后，兵器局便开始了研究，现在用的是半圆型的轴承，至于陛下所说的滚珠轴承，现在还在研究中，因为想要造出大小相同的滚珠，即使现在有了车床，也要费很多功夫，重要的是现在并没有找出需要用到滚珠轴承的地方。”
朱由校道：“正好找到了一个地方可以用，那就是马车的车轴。厂公想要在辽东的辽河和混同江之江造一条水泥路，用马车来运送货物，原来的马车车轴不够灵