送走了诸位藩王以后，朱有孝开始集精力改造大明朝的海军舰队了，目前的海军舰队主要是集在东南部沿海地区，这些舰队的火炮也是老式的实心弹，现在的作战方式还主要以登船搏杀为主，对于直接击沉对方的舰船还是不太多，关键是炮弹威力太小，除非是大舰队遇到小船，可以直接击沉。
戚金的部队有一部分老兵是在船长大的，所以在孙承宗和戚金回来之后，朱有孝才开始正是决定这个问题的。朱有孝的意思是直接把戚金的部队改编成海军，这些精兵都是经过战场拼杀出来的，有较好的心理素质，再加他们也都熟悉新式火炮的应用，这样一来他们很快可以成军，迅速形成战斗力。
戚金对于皇欲将其部队转为海军非常高兴，这标志着皇对自己的重视。戚家军自从抗击倭寇开始，一直很注重海军士兵的训练，要不然的话也不会有对倭寇的海围剿取得绝对性的胜利。但是自从戚家军被调到蓟州以后，海军方面的战例再也没有了，只剩下陆战蒙古人的战例了，而且其战果辉煌胜过了海战，但是这并不意味着海战方面的人才没有了，而是成了海陆战斗两方面都具备的人才了，这才是朱有孝更看重戚家军的原因，再加现在戚家军扩编之后变成了神机营，以后再加以训练是标准的大明朝海军陆战队的雏形。这样一来，这支部队无论海战还是陆战，都将是大明朝的精锐部队。
建设海军首先要建设的是军舰，现在的军舰都是木制的，朱有孝想建立的则是由钢铁打造的战舰，但是对于目前的钢铁产量和质量来说，这事还不太现实的，所以朱有孝也只能像历史那样一步一步的前进，首先制造的是铁甲舰队。但是算是这样，船队的动力问题也不太好解决，蒸汽机的动力还是很小。在朱灵和宋应星、徐光启、毕懋康的共同努力下，在经过近半年的研究和试验，他们发现有一个重要的问题不好解决，那是润滑问题，在曲轴连接处的关节点，经常有发热现象，造成了温度过高使用寿命过短，朱有孝想了想告诉他们可以用蓖麻油或者菜籽油试一下，最后实验结果是蓖麻油效果更好。另外还有蒸汽机的调速问题、汽缸温度问题、传送动力问题等，这些都是一时半会不还解决的问题。对于这些问题朱有孝虽然心有解决的办法，但还是没有直接讲出来，他怕自己说的太多妨碍了这些大牛们的思维能力，让他们形成解决不了问题找皇帝的习惯，但是，也讲了一点离合器、变速器原理。其他的朱有孝只是让他们自己去在实践的过程发现问题，继而解决这些问题，哪怕因此失去了制造舰船的时间向后拖延也在所不惜。
经过这么长时间以来，朱灵他们也终于制造出了一台可以实用的蒸汽机来，虽然功率不是太高，但是如果用来装在较小的船舶还是可以当做动力的。为了不浪费太多的材料，朱有孝决定把这一台可以实用的原始蒸汽机为蓝本，试制十二台同样的蒸汽机来试验大明朝的三等福船，一共建造三艘这样的铁甲船，每艘船使用四台蒸汽机。明朝的福船分为五个级别，最大的有近二十丈长，四丈宽，六丈高，最小的也有四丈长，一丈宽。一等福船不是用来做战舰的，相当于现在的补给舰，二等福船是用来做战舰的，设计的较结实，三等福船是用来巡哨的，行驶速度较快。
朱有孝选择的是一艘十二丈长，三丈宽，五丈高的三等福船来做实验。因为二等福船太大，朱有孝怕它的结构有问题，禁不住加农炮的反震，万一把战船开炮的时候震坏了，那出大笑话了，尤其是现在根本没有计算承受能力的合适办法，朱有孝只能采取更稳妥的办法。为了更稳妥起见，朱有孝还让宋应星制造了四根十丈长的钢柱放在龙骨里面，以加强福船的抗震性能，然后在以这四根钢柱为龙骨加以横向的细铁柱。本来朱有孝是打算使用钢管的，但是现在钢管想做成这样长度的太困难了，所以只好用钢柱代替。在这些钢铁龙骨的外面，正常使用普通的木制龙骨，这样这艘三等福船用了双龙骨，而且还把加农炮设计在福船的前后两头，侧面则暂且不设置大炮，每艘福船设计为八门加农炮，前后各四门，间以迫击炮防守，在此基础建设起来的福船自然可以经受较大的加农炮震动。现在用的基本都是实心弹，还是以登帮战为主要方式，故此还在船的周围包了一寸厚的钢板，甲板也在下面铺了一寸厚的钢板，这样一来算实心弹砸到船，经过木板的减震后钢板可以彻底保护好船体不受损害，另外又准备一些沙包，防止铁弹滚动伤人。在增加了钢甲之后三等福船的重量自然增加了不少，几乎和二等福船的重量差不多，但是因为有了蒸汽机作为动力，朱有孝还是对这三艘铁甲船抱有很大希望。
这三艘三等铁甲福船因为主要火力在前后两端，所以战斗时以正面对敌，并且因为有钢板防护，可以承受敌人的实心弹砸击，因此要求在距敌方较近的时候才能开炮，以得到最高的最好的炮击效果，因为采用的全部是开花弹，而且现在的触发引信不太好，必须碰到对方船才能爆炸，所以基本是在一里远左右开始开炮。对于现在的普通木制舰船来说，最大的不过二十四丈长，五丈宽左右，这在五里以外看来不过只有二丈左右大小，以现在的射击准确性，在这个距离开炮能够命的概率不到千分之一，算使用炮镜和计