朱有孝的目的现在基本达到了，大明朝的内阁成员扩大到了二十五人，除了朱有孝推荐的三名皇家阁员以外，其余的有内阁成员和六部共同举荐。朱有孝推荐的皇家阁员是蜀王朱致澍、福王朱常洵，还有目前没有藩的端王朱常浩，并且声明这三位皇家阁员如果不在京城，可由他们的世子代表，其实这是朱有孝怕福王朱常洵多心，还想将他的儿子朱由菘送进大明官吏学校受训，免得这家伙吃得像猪一样。
对于这个决策机构，朱有孝仍然让叶向高做首辅，次辅则由孙承宗出任，依次是韩爌、赵南星等。朱有孝定下的制度是叶向高据，孙承宗和韩爌坐两边，其余分坐在一条长桌两侧，每遇到议题由叶向高提出，交由大家商量，当一个人讲话时，其他人必须保持沉默，哪怕是他的观点错的再出，也要等他讲完再反驳，不许进行人身攻击，只能以事论事，凡不遵规矩者罚门外站立，不得参与讨论。每一个研究的议题最后的表决结果有所有人员投票决定，一旦形成结论有全体内阁人员对此负责。