人类的足迹在十五世纪的航海时代伊始，逐渐遍布世界各地，整个世界联系成为了一个整体，一个新的时代-开启，随着蒸汽时代的来临，第一次工业革命再一次刷新了“黑灵”对人类发展实力的总体预估。经历过第二次工业革命以及第三次第四次科技革命之后，人类实现了一个巨大的飞跃。
但这与“黑灵”所预期的还相差甚远，不过它们看到了人类发展的巨大潜力，它们选择了继续等待，等待着一个合适的时机，同时，在数千年的蛰伏之中，它们也在不断地将自身的文明水平向前发展着。
直到2092年，人类探险者陈天对深渊的探索大大出乎了它们的预料，由于此前人类所能达到的最深的海洋深度不过一万五千米，在“黑灵”对人类的科技发展预估中，人类至少还需要五十年左右的时间，才能具有抵达深渊之底的可能性。但陈天的出现却完全打破了这一预估，在仓促没有防备的情况下，深渊建筑被陈天所发现，整个过程“黑灵”处于一种极为被动的局面，深渊要塞的防御系统已经有数千万年没有启用，再度开启耗费了过多的时间，当防御系统重新启动的时候，陈天已经完成了对深渊建筑的探索，并安然离开。
“黑灵”统治者们立马对这一情况所有可能造成的后果进行了相应的预估，当十年之后陈天公开向世界宣布自己再一次的潜海行动时，它们明白深渊建筑的暴露已经成了必然的事实，为了防止发生变故，在迫不得已的情况下，“黑灵”最终选择了在人类文明发展程度还未达到自身所期盼的高度的情况下，提前向人类世界进行大规模的渗透。
它们首先利用深渊建筑的强大的引力将人类的这位先驱死死困在了深海之中，而后，在陈天的尸体中提取出基因，将之转移到“黑灵”克隆体身上，重新塑造出了属于它们阵营的探险者“陈天”，并乘坐原主人的潜水器返回到人类世界中，公布先进的潜海技术并大肆宣扬深渊建筑的信息，引发各国政府对马里亚纳海沟这片神秘海域的积极探索。
各国政府先后派遣出了数千人的考察队对这片所谓的遗址建筑进行了考察。
所有的人都没能再回到海面上，“黑灵”在对这些外来者进行了全面的基因锁解析之后，对他们所有人的存在进行了取代，新生的“人类”生命携带着“黑灵”所塑造出的资料与文件，以及一些可透露的科技成果回到了人类世界，并开始在人类世界潜伏下来。
为了在一定程度上推动世界的重建计划，“黑灵”将一份等级较高的文件交给了其中的部分感染者，他们的前身都是人类世界的著名科学家。
在其后的二十年中，这些潜伏在人类世界各个角落的感染者开始对一些重要国家的领导人或者领导集团进行了不同程度的刺杀，并利用携带出深渊的大量克隆体，取代了他们的存在，同时，积极向人类世界宣传遗址建筑为人类发展带来的推动与便利。
二十年的积极渗透，使得感染者逐渐巩固了对当时世界上大部分国家政权的领导，在原定计划的安排下，通过从深渊建筑中所带出的那份高等级的资料，他们最终发出号召，联合起了世界上的几乎所有的人类政权，最终在人类纪元的2122年，开启实施了在后来为大部分人类都共同赞叹与自豪的计划，“星球大厦”计划。
计划的主导者全由“黑灵”阵营一方的感染者组成，其资料的核心机密始终掌握在感染者手中，没有一个人类能够真正去接触了解计划内容中所包含的科技成分，通过调动人类世界的大部分资源与人力，耗时一百年，“黑灵”最终完成了这项浩大的工程，自此，对地球的重建计划已经基本达到了预期。由于大厦系统在“黑灵”的建造历史上也属于首例，因此“黑灵”决定利用；两百年左右的时间对整个大厦系统的性能进行各方面的检验，并对其中的缺陷部分进行弥补，为了防止后来者发现这其中的异常，潜伏在人类世界中的感染者们删除了所有关于2102年其后二十年的历史，并对2122年之后的历史发展记录进行了大篇幅的修改，在其后的二百年时间里，这些感染者们不断地延续着自身在人类世界的势力与根基，为将来整个文明重见天日做了充足的准备。
事实上，对于人类而言，“星球大厦”计划，是一个彻头彻尾的惊天阴谋，这并不是什么天堂，而只是以华丽外表掩饰自己的一个巨大的陷阱，一个牢不可破的囚笼，人类在这个囚笼之中，却浑然不自知。
为防止人类对系统起疑，整个大厦系统的核心控制权力被暂时交接到其后时期里人类政府的最高执政者手中，但“黑灵”却为自己保留了更为强大的控制权力，一旦它们认为时机成熟，便会毫不犹豫地从人类手中夺回对大厦系统的全部掌控权。同时，由于大厦系统内部良好的监测性能，使得“黑灵”得以更为全面直接地监视到生存在地面上的人类的一举一动，人类的重大行动，都会准确地被“黑灵”文明所掌握，可以说，在系统建成的其后两百年时间里，人类再也没有脱离“黑灵”对他们的暗中控制。
大厦系统除了对人类有着监视的作用之外，另一个关键的功能就是在于对人类文明科技发展的遏制，在大厦系统建成后的两百年时间里，人类文明几乎可以说是止步不前，这不仅仅是因为大厦系统本身的优越性