到了崇祯末年五军都督府早已形同虚设，所以卫所制度单从军事角度看也就名存实亡了。
现在明朝的军事制度是军与兵共存，是明朝独有的军事制度。
军属卫所，由小旗、总旗、百户、千户、卫指挥使、都指挥使，上而至五军都督府统辖。
卫所军及官世袭，仅五军都督府官及都司不世袭，为流官，由世职卫所官及武举选授。
卫所军及官属军籍，携带家属，世居一地，并代代相传，基本上不再变动。
兵属营，由什长、队长、哨官、把总、守备、都司、游击、参将、副总兵、总兵统属，直属兵部。
兵一般不世袭，但由卫所军转为兵者例外。兵无户籍的规定，兵服役期限不长，一般不终身服役，多战时创设，事毕汰兵撤营，但在重要的军事防御卫则常川戍守。营兵不随家属，更接近现代兵制。
而这次方正化的一个主要任务就是在辽东试点朱慈烺制定的新军事制度，朱慈烺称为军团制，全部由职业兵组成的现代兵制。
明代的军户，根据永乐年间，左都御史陈瑛所说，“以天下通计，民不下一千万户，官军不下两百万家。”
军户竟然占到了全国五分之一的人口，这数字大的可怕，如果按照预想的那样，大明几乎就是无敌的，被兵力仅有十三万的清虏窃国，简直就是天方夜谭。
军户是怎么来的呢？
一是继承。洪武二年，发布命令说:“凡军、民、医、匠、阴阳诸色户，许以原报抄籍为定。不许妄行变乱，违者治罪，仍从原籍。”
命令明确地规定元末人户属军籍的，到了明代依然是军户，不许变乱、脱籍。
二是“垛集”。史载:“明初，垛集令行，民出一丁为军。”。
根据《明史》的解释，“从征者，诸将所部兵”，就是原来参加元末农民起义的战士。
“归附，则胜国及僧伪诸降卒，”即投降过来的元朝军卒和元末张士诚等人割据势力的军兵。这就是垛集。
三是“谪（zhe）发”。就是犯罪后被谪充军者，这部分以官家属与犯罪人的家属为主，这些人大多都是良民，明代法律很严苛，一人犯法全家受罪或者全族受罪。
朱元璋称帝后，利用军队实行卫所屯田，所以对军士进行剥削的不仅只有上级军官，还有国家也在剥削他们。
据《明史·食货志》载，明政府规定，边地的军队“三分守城，七分屯种；内地二分守城，八分屯种”。
屯军要向政府交纳赋税，称为“屯田籽粒”。洪武年间规定军屯“亩税一斗”。军屯的税粮是明政府的主要收入之一。
这次朱慈烺交给方正化的一个重要任务就是解散关外的卫所制度，改革营兵制度，建立全新的军团制度，组建战力强大的职业军队。
第二天一早高桥驿内的住户与驿兵们就炸了锅，全都拥挤到了城门位置，上面贴着两个布告。
一是开恩令，解散军户，恢复民籍。不管是继承、垛集还是谪发军户全都恢复民籍，可留在原地也可回道祖籍。
军户所有土地全部归为国家所有。留原地者，均分土地，包产到户，亩税十税二，分配耕牛。
回原籍者，补发路费，一人两枚银币（白银二两），家中无法带走的粮食官府按照每旧石四枚银元购买，牛羊等牲畜也一律按价购买。
二是招兵令，现役卫所兵将全部就地解散恢复民籍，想从军者重新考核入伍，新入伍者发放新兵器、军服、甲胄，成为职业兵士，士兵从军年限五至二十年不等，最高不高于二十年。
兵制改革，新招募士兵分为四等，列兵、下士、中士、上士，当兵期间所有吃喝穿住行等全部由军队负担。
列兵为新入伍者，月俸银币一元；下士为获得普通战功勇士者，月俸银币两元；中士为获得中等战功勇士者，月俸银币三元；上士为获得上等战功勇士者，月俸银币四元。
勇士获得战功的途径有，平时训练表现突出与战时立功，士兵入伍时间为五年，五年到期后可以申请退役与延期服役。
军官分为尉、校、将sān_jí九等，少尉、中尉、上尉；少校、中校、上校；少将、中将、上将。军官与士兵一样，服役期间可以申请退役与延期服役。