惊奇队长本名卡罗尔·丹弗斯，原来是美军的试飞飞行员。但在配合威尔博士试飞最新型的飞行器的时候，遇到了外星人的袭击。
最后为了保护威尔博士制作的光速引擎不被坏人夺走，她开枪打爆了引擎，却没想到引擎爆炸的辐射改变了她的身体，让她获得了强大的能力。
不过因为巨大的冲击波，她的大脑也受伤失忆了，被克里人抓到外星球。克里人为了骗取她的信任套取威尔博士的其他情报，就骗她加入克里星的特种部队，但事实上惊奇队长是地球人。
47暗中观察，看到惊奇队长那拽拽的样子，心想这年头能成为飞行员的女性确实不简单，但也不用表现出来吧。
惊奇队长来到地球之后有一些零星的记忆恢复了，她要做的就是找回自己的记忆，想起自己和地球到底有什么关系。
一路上顺便打打怪。
尼克特工第一次遇到外星人，非常吃惊，不过他很快就冷静了下来。他首先想到的是自己不用失业了，有来自外太空的敌人代替前苏联，简直不要太好。有了敌人，神盾局就有用武之地了。
尼克因为车祸追丢了敌人，不过他很快找到了惊奇队长的记录，美国飞行员，六年前空难去世，只找到了半块狗牌。
但显然她起死回生了，而且还活奔乱跳，变成了有超能力的厉害角色。尼克带回了外星人尸体，非常有说服力，让高层认识到了人类不是宇宙中唯一的生命，并且外星人已经来到地球了。
其实外星人从来没有间断过拜访地球，都是正常操作，只是人类不知道而已。
上级很重视这件事情，让尼克去找卡罗尔·丹弗斯了解情况，问问她到底发生了什么事情。
尼克很快就找到了正在朝沙漠赶去的惊奇队长，并且从她那知道了会变形的斯库鲁斯人的信息，包括斯库鲁斯人变身能获得目标的短暂记忆。
要分辨的话，就要问一些久远的陈年旧事。
两人取得了信任，尼克帮助丹弗斯进入了进行天马计划的空军基地。
威尔博士是天马计划的主要负责人，她死了以后计划就已经停止了，只有士兵看守基地。
47自然不可能光明正大进入基地，他只是躲在外面观察。天马计划包含了很多先进飞行器的设计，甚至连f22隐形战斗机都是天马计划的产物，这个基地里有很多资料也有很多原型机。
“有机会一定把这些原型机都买回来。”47喃喃自语，在这个国家有钱什么都买得到。
尼克特工在基地联系了自己的同事，很快神盾局的特工就来了，只是尼克没想到神盾局已经被无孔不入的外星人入侵了。
斯库鲁人的变形能力真的非常可怕，只需要用目光锁定目标就好了，不需要接触也不需要特殊条件，只要看一眼就能变形，还能得到短暂的记忆，简直是杀人越货打家劫舍的必备技能。可惜这是种族天赋，别人学不来。
于是尼克和惊奇队长在基地里展开了一场追逐战，最后两人成功开走了一架原型机逃脱，并按照基地里的原始记录去找惊奇队长往日同事。
惊奇队长找到了一张合影，有威尔博士，有她，也有同事，无数记忆碎片在脑海里回想，现在只需要找一个知情人帮惊奇队长将记忆重新组合起来。
在同事家，惊奇队长终于回忆起了一切，也终于想起来她是被克里人欺骗了，她是根正苗红的地球人，才知道原来克里人才是大反派，而不是斯库鲁人，是克里人入侵了斯库鲁人的家园，赶尽杀绝。
斯库鲁人只是无家可归的难民，他们抓惊奇队长也只是想要知道威尔博士的情报，想要找到接受博士帮助的家人。
搞清楚这一切之后，惊奇队长也想起了威尔博士告诉过她一个坐标，那个坐标可能就是实验室，而难民们很可能就在实验室里等待帮助。
于是在斯库鲁人的帮助下，把原型机改造成可以进入宇宙的飞机。
47就一直跟到这里，看着他们上天：“希望一切顺利。”也不知道难民们怎么样了，是不是每天祈祷。
话说斯库鲁人和惊奇队长，以及她闺蜜，还有尼克特工，外加一只橘猫乘坐改装过的飞行器直接找到了飞船。
本来以为难民肯定是可怜、弱小、无助，可是等到他们真正找到难民的时候才发现难民日子过得很滋润，也很淡定。
对于他们的出现，难民们没有表现出一点惊讶。他们只是高兴地迎接他们的救世主，这可把惊奇队长搞傻眼了，她怎么就成为救世主了，她都不认识这些人。
而来找家人的斯库鲁人找到妻子孩子，却发现他们完全变了一个模样，竟然信一些虚无缥缈的东西，嘴里念叨的都是什么《神经》。
一群宗教狂热的外星人啊，尼克特工表示长见识了，真的是不得了啊。
总之地球的客人都是懵逼的，完全不知道难民在说什么。
难民孩子就拿出了自己的涂鸦，虽然很丑，但惊奇队长还是认出了这是自己，至少胸口的星星和制服的配色很相似了。
“你们知道我们要来？”尼克终于问出了疑问。
难民们表示这是宇宙大神的指引：“威尔博士是贤者，之后是先知，最后是救世主，我们要完成寻找家园的旅程，完成自我的救赎。”
“救世主，难道是说我？”惊奇队长表示自己可没有能力拯救难民，她只是寻找记忆罢了。
但难民