成化元年十月，沙洲卫城南，天策军大营。
随着朝廷发布了私掠令，大明对荷兰人的形势逐渐大好，形成了压倒性的优势。
紧接着，刘君韬收到了兵部以及幕府情报部先后送来的利好消息：
月前，中府都督同知、拜征夷将军赵辅督率三万先头部队南下，径直开进广西，经全州直达桂林，并在中途顺势击破一些叛乱的苗人。
先头大军在抵达桂林后，赵辅又将四个失职将领斩首示众，恩威并施，自此明军军心大振。
几天后，赵辅根据情报判断贼首侯大狗以荔浦、修仁两县为两翼掩护其核心根据地，于是便兵分五路进攻荔浦、修仁，以孤立大藤峡。连同后续赶来的十几万明军将士以强大兵力首先将修仁的叛军主力击溃，此战共斩杀叛军七千三百多人，生擒一千两百多人。随后，荔浦也被攻破。
自此，大藤峡以北门户洞开，赵辅迅速率军到达大藤峡南面的桂平，开始部署围剿。
赵辅将十六万大军分为左右两个兵团：右翼兵团六万八千人，自象州、武宣南下，分五路进攻大藤峡之北；左翼兵团九万两千人，由桂平、平南分八路进攻大藤峡之南。
而后，赵辅又派军扼守大藤峡东西要隘，设置伏兵，截断瑶民往东、西两个方向的退路。
面对明军的围剿，贼首侯大狗采取了游击战惯用的诱敌战术。他派几十个上了年纪的人装扮成儒生里老，在明军进军的道路上跪拜迎接。他们声称长期被贼军困扰，不敢反抗，现在愿投靠官军做先锋，企图寻机刺杀赵辅。
当这些人出现在官军周围时，赵辅立即命令士兵将他们逮捕。当搜出了暗藏的匕首后，这些细作全部被明军斩首分尸并悬挂在山林的树杈上。
在明军两翼完成包围部署之后，赵辅随即下令发动进攻。官军兵分十余路、水陆并进，对大藤峡进行腹背夹击，势如巨石压卵。
贼首侯大狗知道这次进攻非同寻常，便将老弱妇孺及钱粮等重要物资转移到大山深处，并在山南险要处竖立数重木栅作为防御工事，修筑营盘作为据点，准备了大量滚石、檑木、长枪、标枪、毒矢等轻重武器，严阵以待。
随后官军四面包围，使用火箭、团牌、火铳和登山器械对大藤峡的十几处山寨发起猛攻。激战中，明军将士人多势众，又备有登山利器，故而冒死上山，纵火焚毁了不少木栅。此时叛军留守峡中的军队仅一万多人，众寡悬殊，贼首侯大狗不得不放弃第一线，转移到九层楼等处据守。
大藤峡核心据点是九层楼，又名九重崖。山顶有九个山峰，因山峦重叠如阶梯，共九层，故得名。四周崖壁陡峭，仅有一条的小路可上山顶，易守难攻。官军尾追而至，想从小路登山，被瑶民用滚石、檑木、毒箭打死数百人，攻势顿挫。激战数昼夜，九层楼岿然不动。
赵辅见状决定采取佯攻，多设疑兵，诱使义军大量消耗木石、标枪、毒箭；一面采取火攻，集中火箭、火炮向九层楼攻击。在明军猛烈的火力打击下，叛军阵地上的木栅燃起熊熊大火，垒石而成的防御工事也陆续倒塌。此时，赵辅再次命令敢死队向山顶突击。面对官军多个方向的夹击，贼首侯大狗终于抵挡不住，队伍纷纷溃败。在外地作战的叛军被明军封锁线拦截，无法回援，九层楼最终被官军攻陷。
此战明军攻破大藤峡贼寇大小营寨三百二十四所，杀三千二百零七人，俘获包括贼首侯大狗在内的七百八十二人，还掳走了两千七百一十八名妇女。叛军战死、溃逃、溺毙、堕崖而亡者在万人以上。
战役结束后，中府都督同知、拜征夷将军赵辅命人砍断大藤峡那根有名的大藤，把断藤蒙上牛皮做成数面大鼓，作为战利品送往广州、梧州、肇庆的官府衙门。
刘君韬只见幕府情报部送来的消息中显示，赵辅在战后为了自彰其功，改大藤峡为“断藤峡”，撰写碑文刻成《赵辅纪功碑》，竖之于大藤峡北岸。不禁摇了摇头，暗道：“此人虽然战功不小、很会打仗，但太过招摇了！”
而兵部发来的公文则显示，大藤峡大乱既平，各路明军班师凯旋，诸将官弹冠相庆。都督赵辅被封为伯爵，世袭罔替；他的一个儿子被恩赐锦衣卫镇抚的官衔。并且，成化帝让赵辅专门负责两广军务。
相比于大藤峡战事的顺利，征剿荆襄叛乱的战事就有些曲折了。
当三千营兼神机营统领朱永率军赶到战场之后，贼首刘通与其谋士石龙引诱明军深入险境，依靠天险，在梯儿崖重创官军，明军一时竟不能奈何义军。
对于这次失败，成化帝并没有下旨斥责朱永，而是继续为其调集援兵和辎重，这一点让刘君韬很是赞叹，认为成化帝非常明智。
而朱永也没有让成化帝失望，仅用了十余天的时间，便再次集结重兵，数万大军兵分四路，犄角并进，对贼首刘通的叛军展开围追堵截。
这一次明军军力占据绝对优势，最终四路大军将叛军主力团团围住，一场大战下来，叛军伤亡者无算，被击斩万人，贼首刘通也被抓捕，只有其军师石龙等残部仓皇逃往四川，转掠巫山、大昌两地。
而后，朱永继续率领大军展开追击，在半月之前终于将贼寇白圭残部彻底剿灭。
在平叛的同时，鉴于荆襄流民问题严峻，成化帝已经开始重视，并还启用名臣王恕为都察院右副都御使