在祖师墓西南侧有一株古银杏树，人称“千年银杏树”。传为马丹阳为师父守墓而植。银杏树高约10丈，树身挺直粗壮，枝杆四面伸展，苍老遒劲。
树身空心处生长出一株柏树，故人们又称千年银抱柏。后来柏树枯死，古银杏树仍发芽开花结果。
对于祖师灵骨的的传说向来有很多版本，三位道人默默地跟在导游后面，听她这样讲述：
上世纪五十年代，祖庵镇在兴修农田水利的过程中发现了重阳祖师墓，由于当地人对王重阳的敬重以及文物部门的保护，重阳墓被及时回填了。
挖开墓后，打开石棺材盖子，便看到里面铺着很厚的绸缎。重阳祖师侧卧，脚朝西，面朝北，头朝东，枕着莲花瓣枕头，带着帽子。据当时的老人讲，祖师爷浑身披着锦缎，只露出脸，脸呈淡黄色，闭着眼，像是睡着了，神态十分安祥。当时围观的人很多，大家一看，全都吓跑了。
有位须发皆白的老者疑惑地问导游：“王重阳于公元1170年羽化，难道他的遗蜕是千年不腐？”
导游解释道：“村里有一个二杆子，他上前扯开王重阳身上的绸缎，从脖子处把祖师一提，没想到很轻，就给提起来了。这才发现，原来并不是王重阳的真身，而是一具木雕像。
再后来有人把木雕像吊到了树上，没想到从木像里哗啦啦地掉下许多人骨，正是重阳祖师的遗骨。
有位叫赵茂忠的村民从地里回家，途中经过王重阳墓所在地，看到了暴露在野外的祖师遗骨，实在是看着不忍心，趁四下没人，就偷偷掩埋了起来。当时就近在祖师墓旁的大银杏树下，拿铲子铲了个大窟窿，把遗骨埋到里边。赵茂忠将王重阳的遗骨埋藏起来之后，一直严守着这个秘密，连他的老伴、孩子都不知道。这个秘密一藏就是近四十年。
2005年，村民赵茂忠将埋藏心中已久的秘密，告诉了重阳宫住持陈法永道长。”
燕玄虎忍不住好奇心，就问导游：“陈道长怎么能相信这位普通老汉讲的故事？”
导游说：“陈法永道长听说后，开始查阅有关祖师的生平，特别是安葬事宜的各种资料。而资料中的记载，恰好与赵茂忠老人的描述相符。
资料显示，王重阳于1170年在汴梁（今河南开封）辞众而逝，弟子便将他安葬在本地。1172年，弟子又将王重阳的遗骨从汴梁迁回刘蒋。
祖师第一次安葬时由于条件所限，只是草葬。第二次在刘蒋则是大葬，但其时距他羽化已有60余年，只剩下遗骨，故将遗骨盛入木质雕像中安葬。
在为师父守墓的时候，王重阳的大弟子马丹阳在墓旁手植银杏一棵，这棵古树历经800年，至今仍生机勃勃。
月24日下午4点，依照赵茂忠的记忆和提示，陈道长与台湾南投县慈惠堂住持林国隆先生等人一起，在重阳宫已近千年的银杏树下，找到了赵茂忠老人当年埋下的灵骨。
2006年，陈道长邀请中国社会科学院、中国道协，以及省内的诸多专家学者，召开了重阳祖师灵骨保护座谈会。
2009年5月16日，全真道祖庭重阳宫内香烟缭绕，仙乐阵阵，重阳祖师灵骨瞻礼法会在此举行。全国政协常委、中国道协会长任法融道长和霍松林、张广保、樊光春、秦建明、孙常德、邹通玄、胡诚林、任兴之等40余位各界人士应邀会聚重阳宫，瞻礼了重阳祖师遗骨和石棺，灵骨瞻礼法会由任法融大师拈香主法，他身着紫红道袍，手执笏板，开启法会，一时钟鼓齐鸣，仪轨庄严。西安八仙宫经师团吟诵仙经，200余位信士焚香礼拜，共沐神光。中国道协、陕西省道协、北京白云观等全国各大宫观代表向重阳祖师墓敬献了花篮。众学者建议，综合考虑，将来还是把灵骨安奉回重阳宫的地宫更妥。
任法融大师庄重地说：重阳祖师灵骨经800余年，能够保存下来这一点，是道教先贤及当地乡民的功德，是玄门之大幸。经过观瞻灵骨，骨虽然不多而质重，由此可见，经过修炼的遗骨与众不同，它和佛骨舍利一样，意义非凡。我今天在重阳宫身临其境，深觉灵气厚重，加之久雨逢晴，风和日丽，这是祖师的感应。重阳祖师及七真承袭道祖老子之大道，德震三界，我们均沾圣恩。因此我们不光要保护好祖师灵骨，更重要的是继承弘扬全真精神和道文化。希望学术界不要单从书本中研究，要身临其境，深入道教，只有理论与实际相结合，才能发掘出道教文化的精髓。各位道友必须加强学习研究，不断提升自己的思想境界，要向重阳祖师那样心死方能人活，超脱自己，要与时俱进，与社会相适应。
在瞻礼法会上，任法融大师捐款十万元，专门用于重阳祖师灵骨的保护。”
来自海外的华侨无不为任法融大师和赵茂忠老汉的义举而深深感动。
导游见有的游客不明白大师所言之心死人活的含义，便说：“距重阳宫还有4、5里路程的成道宫中，至今还有活死人墓。据当地专家讲以前曾经开过墓道，发现里面确有地下室，看下去深不见底，为了保护起见，没有让人进去，就用土封住了。
据记载，王重阳早期曾经在活死人墓中修炼两年，还写了一首《活死人墓赠宁伯功》的七绝诗，描绘了这种特殊的修炼方法。诗曰：
活死人兮活死人，风火地水要只因。
墓中日服真丹药，换了凡躯一点尘。
活死人兮活