除了长老会外，禁止各土著部落将出草目标对准汉人移民村庄，土著内部之间的出草猎头行为元老院和各县主官暂时不作干涉。
除此之外，最主要的便是赋税制度，各土著部落需得交纳元老院定下的赋税，或是大米，又或是猎物毛皮等，在赋税之外还得服从元老院每年征召的劳役，当元老院下令攻击其他部落时，需得出青壮勇士作为仆从军一起进攻。
一整套流程下来，元老院学习了后世荷兰人成功统治土著的方法，最终便是希望达成以夷治夷的效果，从而减少用于镇压的人力，同时也能加强元老院的动员能力。
此后，台南的土著部落已是大定，只剩下台中的大肚王国以及北部丘陵、中部山区、东北部宜兰平原、东部花莲等地区的土著未曾解决。
以远近亲疏而论，加上各地依旧急需人口劳动力，此时大肚王国便进入了王朗的眼帘，成为元老院的下一个狩猎目标。
经元老院众人商议讨论后，征服大肚王国的方案定下，将从南部各县征召青壮勇士作为仆从军，再以武装部作为核心，民兵部队为骨架，枪口直指台中的大肚王国。
大肚王国是十几个土著部落间的联盟，其中大肚王的话语权最大，但大肚王对其余部落并不像是真正的国王那般握有生杀大权，各部落内部依旧保有相当的自治权利。
在南部各部落征召完毕后，兵士们以新建不久的彰化城作为根据地，进攻彰化城北部的大肚王国，最终目的便是统治台中区域，获取此地的人口和自然资源，得到更多的劳动力，同时瓦解大肚王国的部落联盟，和南部各县一般建立长老会制度，彻底控制此地。
大肚王国的地盘本就不大，十几个部落听着挺唬人，但实际上不过是十几个大一些的村庄，整个大肚王国的总人口加起来还不到一万。
本次征服大肚王国，武装部中的穿越者主要任务是实践学习指挥工作，之后便可分配至各地，牢牢掌握所有军事力量，攻击行动则多是由武装部中的移民以及各县民兵带领仆从军完成。
在各县民兵热兵器的摧枯拉朽下，加上土著仆从军手持冷兵器的阵阵怪异吼叫声中，第一个投降的部落出现了，有一就有二，大肚王国的瓦解速度出乎意料的快，其中当然不乏头铁的，主要是大肚王以及他的血亲部落为核心。但在大肚王被现代火器精准打击而死后，最后的联盟瞬时间分崩离析，各核心部落失去主心骨，死的死，降的降。
此后大肚王国成为历史，只要再清除掉北部淡水周边的土著，元老院将正式掌控台湾西海岸。
大肚王国既殁，战争给被征服的土著部落带来大量的权利真空，也正好便于元老院对于土著长老的选拔，利于控制。
此役，除了大肚王国外，各县土著仆从军们待遇不算薄，目的便是笼络各部落的勇士阶级，消磨土著们的敌意，雷霆手段已用过，鸽派上场展现菩萨心肠，慢慢消除土著中的隐患。
此役的最终目标便是人口劳动力，战败方的大肚各部落青壮人口，皆被强制征召去开矿或是开凿运河，南部长老会各部落劳役也将同时征发，用于在各县为移民就地开垦田地，劳役并非无偿，给予相应的纸币，可用于购买新港产出的物资。
这种新鲜的体验在土著部落中从未有过，当看到一张小小的纸片，却能从汉人移民村落或是集市中换来白花花的粮食后，土著们的积极性前所未有的提高，只要元老院一直征发劳役，至少各部落间不会再有人挨饿。
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