土司家族在当地的领导地位和王朝帝位一样自然是经过血腥凶残争斗才形成的，统治权一样是尸体堆成的沾满人命和鲜血。
即使有良善之名的土司，也不可能真的那么干净纯洁，无不血债累累，不知害死多少无辜者。更何况如此权势家族从来不可能少了心性凶恶肆意害人的败类子弟，更增添了罪恶。加上愚昧残酷的风俗信仰，常草菅人命，那罪恶就更数不胜数。
土司作威作福肆意统治权可是比皇帝大多了，随心所欲多了。皇帝还要顾忌天下人心。土司不用，敢反抗，直接暴力屠杀。
也就是说，土司的统治总体本质是不受约束的愚昧残暴。
这种挟裹深山民族，做无形中的独立王国，不听王朝管理统治教化，愚昧残暴统治并阻碍少数民族接受文明进化的土司制度一向是时代进步的毒瘤，更是每一代王朝统治者头疼的事，对土司无可奈何，只能威其依附，并不能真正统治教化山区。
这种危害一直延续到解放后很久才慢慢消失。即使到了二十一世纪，中国也仍然时不时遭受一下流亡土司的指控刁难。
由此可见土司制度的祸患之大，遗患之久。