时间不停的流逝，转眼之间，三年时间过去了。
此时距离波风浩人死去已经十三年了，因此，波风浩人这只蝴蝶给忍界带来的影响越来越小。
在外修炼的鸣人归村之后，木叶就接到了砂隐的求援。和动漫中一样，鸣人等人成功的救出了我爱罗。虽然在自来也的训练下，鸣人的实力大增，但是一尾还是被晓组织夺走了。不过，在砂隐千代婆婆的牺牲下，我爱罗成功复活。此事之后，木叶和砂隐的联盟更加的可靠。
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在仙法之印的作用下，阿斯玛的实力是影级，但是，阿斯玛还是没有避免自己死亡的命运，飞段的能力太特殊了，如果不知道底细，很少有人能够逃过一劫。
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佐助在认为自己已经获得了超越大蛇丸的力量之后，突然向大蛇丸发难，破解了大蛇丸的转生忍术，打倒了大蛇丸。
培养佐助是波风浩人安排给大蛇丸的任务，所以，大蛇丸对佐助可以说是倾囊相授。这就导致了，佐助不但变的非常强大，而且佐助对大蛇丸相当的了解，尤其是大蛇丸的弱点。
大蛇丸对佐助虽然没有任何的企图，但是，在所有人看来，大蛇丸的目的就是宇智波佐助的身体，佐助自己也这么认为，毕竟，大蛇丸会波风浩人完整的克隆技术的事情，只有大蛇丸、波风浩人和漩涡轻水三人知道。
大蛇丸在与三代火影的战斗中失去了双臂，无法使用任何忍术，精神力方面又无法战胜拥有写轮眼的佐助，因此，大蛇丸和动漫中一样，被佐助打倒了。
打倒了大蛇丸之后，佐助找到了大蛇丸原先的部下水月、香燐和重吾，四人组成了名为“蛇”的小队。
香燐在大蛇丸的全力培养下，能力得到了很好的开发。和动漫中一样，香燐爱上了佐助，因此，香燐不顾母亲漩涡轻水的反对，选择了跟随佐助。漩涡轻水因为肩负着复活波风浩人的任务，所以，没有去追回香燐。在漩涡轻水心中，香燐很重要，但是波风浩人也很重要。
经过一番波折之后，佐助终于找到了鼬，和鼬展开了激烈的战斗。虽然宇智波鼬因为波风浩人的原因，不像动漫中一样身染重病，但是，为了让自己的弟弟得到永恒的万花筒写轮眼，鼬还是选择了死在佐助的手中。
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自来也的命运也没有发生变化，自来也为了获取“晓”的情报而潜入了雨忍者村，最终为了得到佩恩六道的情报而牺牲了自己的生命。
得知自来也牺牲的消息之后，鸣人悲痛万分，为了替自来也报仇，鸣人决定前往妙木山修炼真正的仙术，毕竟，仙法之印和真正的仙术相比，还是有一定差距的。
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和动漫中一样，长门为了得到鸣人体内的九尾，突然袭击了木叶村。
加藤断立刻率领木叶忍者开始了战斗，纲手则利用蛞蝓施展大范围的医疗忍术以减少木叶的伤亡，就连志村团藏都率领“根”的成员战斗在第一线。
木叶此时的战力很强，因此，加藤断并没有利用联络蛙向妙木山求援。而事实也证明，木叶此时的战力真的很强，这场战斗不同于动漫中，木叶并没有处于一边倒的劣势，双方激战了很长时间，一直旗鼓相当。其实，严格说来，木叶其实是占据优势的，要知道，木叶的忍者需要一边保护村民一边战斗，不像佩恩六道可以肆无忌惮。
不过，这样的情况在加藤断倒下之后被打破了。
加藤断倒下了？没错，加藤断失手了。长时间的战斗，使得木叶村被破坏的很严重，因此，加藤断发动了自己的灵化之术开始了攻击。
灵化之术可以将自己灵化成活的灵魂，无视距离穿梭并杀害敌人，亦可以控制对方身体和进入他人精神世界。一般情况下，灵化之术是无解的，但是，当敌人是佩恩六道的时候，就不是一般情况了。
佩恩六道中的人间道能够捕获记忆与灵魂，加藤断在利用灵化之术成功的干掉了修罗道、饿鬼道和畜生道之后，不小心栽在了人间道的手中。不过，加藤断怎么说也是玩了一辈子灵化之术的人，不可能那么轻易的被人间道捕获灵魂，因此，加藤断拼着灵魂被重创，成功的脱身了，但是，灵魂回归身体之后，加藤断就陷入了深度昏迷状态。
加藤断是木叶的五代火影，是木叶的精神支柱，加藤断倒下之后，木叶忍者开始被全线压制。在混乱的情况下，静音被人间道抽出了灵魂——长门得到了鸣人的去向。之后，长门利用神罗天征将木叶夷为了平地。为了保护木叶所有的人，纲手拼尽全力，利用蛞蝓将木叶的所有人包裹了起来，在长门的攻击结束之后，纲手第一时间赶去救治灵魂被重创的加藤断，最终因为查克拉消耗过大，纲手也陷入了昏迷状态。
此时可以说是木叶最危急的情况，好在志麻仙人就在木叶附近采集食材，看到木叶竟然被人夷为了平地，志麻仙人立刻将妙木山的强者以及鸣人通灵到了木叶村。
学成仙术的鸣人回到了木叶之后，接连打败了佩恩六道中的五人，不过，在与天道交战中，由于目睹了雏田为保护自己而重伤，导致体内的九尾暴走了。
当九尾的第八条尾巴从封印中解放的时候，四代火影波风水门出现在了鸣人的精神世界，阻止了九尾。因为波风水门死前，波风浩人将自己的查克拉改变性质后传递给了波风水门和漩涡玖辛奈，