果然没有令皇上失望，李煦、曹寅的密折很快就来了。二人详细报告了榜发后物议沸腾、民愤难平的情况。曹寅更是密奏说:“今年文场秀才等甚是不平，中者甚是不公，显然有舞弊行为，因此扬州秀才扰攘成群，将左必蕃祠堂全部拆去。后传闻是副主考赵晋所为，始暂停息。”
皇上这才拍案而起，怒气冲冲地道:“想朕勤政爱民五十年，还从来没有见过如此胆大妄为的奸臣贼子。若任他们这样狂妄下去，岂不是要毁掉朕大清江山。”于是派户部尚书张鹏翩为钦差大臣，会同两江总督噶礼、江苏巡抚张伯行、安徽巡抚梁世勋在扬州审案，务必将科场案彻底查清。
张鹏翻，字运青，四川遂宁人，康熙九年进士。传说其容貌俊美，“貌如好女子，诸同年皆戏弄之”。不过，张鹏翻自步人仕途后，一直有公直廉明的名声，“不避权贵，人皆惮之”，是康熙一朝的名臣。
他曾经出任江南学政，到任后，不少富家子弟手持京师权贵人物亲写的“荐函”，打算来走后门，但听说张鹏翩刚正无私，最终还是不投而去。当时的规定，凡呈学使报册都须交些“部科费”(手续费)，但张鹏翩“两袖清风，毫无以应，人亦绝口不索”。后来回京师任职，张鹏翩为了应付说情请托之人，特意在府邸的厅堂上竖了一尊关圣帝君塑像。每逢有人登门请托时，他便指着塑像“关帝君在上，岂敢营私拘隐!”这样清操的大臣，当然表面上是深得皇上的信任，誉“天下廉吏”。
对于两江总督噶礼，张鹏翻其实一点也不陌生。他之前曾受命调查噶礼举报苏州知府陈鹏年所作(重游虎丘诗)是反诗一事，当时噶礼极尽威胁利诱之能事，但张鹏翻没有理睬，照旧“按奸发状，振摘是非，无所容回”，最终的结论还是“直鹏年而曲噶礼”，证实噶礼完全是诬告。
张鹏翻与张伯行也是老相识了。他任河道总督时，丁优在家的张伯行因自发组织民众抗洪堵堤，得到张鹏翩的倾心赏识，向皇上力荐，称其“堪理河务”。正是由于张鹏翻的大力举荐，张伯行才进人了皇上的视野。
正因为张鹏翩刚正廉洁，不畏权贵，所以凡有重大的案件，皇上总是派他去处理。对于这桩朝野瞩目的江南乡试案，张鹏翩更是众望所归，被认为定然能够秉公办理。在这样的状况下，时人均认为局面对张伯行有利，而对噶礼不利，岂料事情完全出乎众人的意料。
上谕下达的当天，张鹏翻便动身赶赴江南，一路马不停蹄。第一次会审，在扬州行辕举行，由钦差张鹏翩主审，两江总督噶礼、江苏巡抚张伯行、安徽巡抚梁世勋陪审。一切都相当顺利，没有费任何周折，副主考官赵晋便当堂供认受贿黄金三百两，同考官王日俞、方名也供认拘私舞弊，将事先约好的关节“其实有”三个字卖给了程光奎、徐宗轩、吴泌等人，并将有关节之人均取中举人。钦差张鹏翻当即决定革去赵晋、王日俞、方名一切功名，收监看管，等待皇上的处置。
下面是提审行贿人程光奎、吴泌。二人被带进大堂后，钦差张鹏翻听说这两名举人是有名的文理不通，于是先简单考了下二人的学识，结果吴泌连两句《三字经》都背不下来，程光奎写《百家姓》中，“赵、钱、孙、.李”四个字中就错了三个，唯一写对的“钱”字也是七扭八歪，不成样子。
张鹏翩愤慨至极，一拍桌子，怒问道:“你们到底行贿多少买来这举人功名?快从实招来。”程光奎哪里见过这等阵势，吓得立即招供说:“小人出了黄金十五锭，每锭二十两，一共三百两。”吴泌马上也跟着承认自己行贿了三百两黄金。
这样一来，问题就出来了—程光奎和吴泌各出三百两黄金，一共是六百两，可副主考官赵晋供认只收到三百两黄金，另外的三百两到哪里去了呢?追问之下，吴泌供出他的三百两黄金是托前任安徽巡抚叶九思的家人李奇代转的，这三百两到底给了谁，只有李奇知道。
李奇当即被拘到了堂上，一见到现场钦差高坐，督抚各坐一边，差役环伺，顿时吓得战战兢兢，一经喝问，便立即交代另外三百两黄金贿款交给了径县知县陈天立，由他代转给两江总督噶礼。此言一出，全场愕然。
噶礼首先跳了出来，下令将李奇拖下去乱棍打死。张伯行立即出面制止，坚持继续审讯李奇，将事情弄个水落石出。噶礼暴跳如雷，一定要对证人用刑，并极力阻挠再审下去。堂上气氛顿时紧张起来，眼见督抚之间剑拔弩张，一个要打，一个不准打，差役们也不知所措。最后还是钦差张鹏翩站出来宣布暂且将李奇收监，押后再审，然后下令退堂，一场闹剧才就此结束。
一审结束，通同作弊的大后台两江总督噶礼已经浮出水面。钦差张鹏翩应该立即将实情上奏皇上，但一向刚正的他却在此时犹豫了起来。他有两个儿子，当时其长子张愚诚任安徽怀宁知县，刚好归两江总督管辖。噶礼一度派人威胁张鹏翩，扬言要对张愚诚下毒手。
张鹏翩爱子心切，心有顾虑下，又考虑到清朝历来扬满抑汉，在汉大臣与满大臣的相争中，从来就是以汉大臣惨败而告终，更何况噶礼还与皇上有着特殊的关系，最终决定偏袒噶礼一方。
他不但不据实上报，还微服私访张伯行，劝说道:“噶礼是封疆大吏，又是皇上信赖的大臣，事情万一闹大，