徐辉祖归家后，其弟徐增寿素来亲善燕王，又因徐斩被杖责一事愤恨不平，乃劝徐辉祖勿要与朱棣为敌，忤逆天命，否则非但不可力挽狂澜，反招致灭门之祸。谁知徐辉祖厉色相斥，徐增寿灰脸而去，将满肚苦水倾吐徐斩，徐斩刚直性子，听了后亦怒上眉头，道：“昏君无能，信奸佞之言，起初提防我等与姐夫谋反，如今又叫我们徐家做马前卒。郑将军赤胆忠心尚遭致猜疑，届时我等在前线拼死厮杀，恐还未马革裹尸，就死在这些谣传之下。”
徐增寿道：“你此去北伐，若后方有变，就投了燕王去罢，为徐家留下血脉。”徐斩惊道：“前线叛变，徐氏一门老小性命皆休！”徐增寿道：“长兄忠于朝廷，不至于此，然天命在燕，大族之家，当有取舍。”徐斩会意，不日收拾行装，与徐辉祖奉命北上。
四月，燕军移驻睢水，立桥拒守。郑承恩率军夺桥，斩大将陈文，接而转战北坂，拍马横戟冲入燕军，目眦尽裂，大喊反贼，欲刺死朱棣。朱棣见郑承恩如同疯魔，早已吓得魂飞魄散，亡命而逃。柳惜朝见势不妙，掖起朱棣，跃马离阵，奔走得脱。燕军众将包围郑承恩轮番交战，将其逼退，两军隔桥扎营，相持数日不下。
自此，朱棣不敢与郑承恩正面交锋，乃留兵千余守桥，命大将李斌领主力暗中东行三十里，半夜渡河绕到郑承恩背后发起进攻。谁知郑承恩早已有所准备，先假装中计，不敌而走，待燕军深入至齐眉山，四方伏兵尽出，燕军溃败。恰巧徐辉祖率兵赶至，李斌欲逃，被徐斩截住，一□□死，南军大获全胜。
朱棣接报，面如土色，诸将纷纷劝说燕王退兵，唯有朱能按剑而起，道：“汉高祖十战九败，终得天下。我等举事以来势如破竹，遇小败便退兵而回，难道再俯首称臣吗？”朱棣也厉声叱责，诸将不敢多言。
未久，朝廷讹传燕军已败，惠宗为求两全之策，避免令郑承恩起疑，乃诏命徐辉祖与郑承恩调换军马，领前线久战疲惫之师回京驻守，实则杯酒释兵权，以防郑、徐两家一个领兵回朝鲜，一个领兵投燕王。
郑承恩眼见破燕在即，功亏一篑，气得卧病在床。徐辉祖亦哑巴吃黄连，只得奉命班师。那徐斩料定此来必无好事，便于夜中一人一马，留下书信，道明与京城徐家断绝关系，投奔姐夫朱棣去了。
徐斩危急之时来投，朱棣倒履相迎，拜为先锋。未久，郑承恩移营灵壁，深堑高垒以为持久之计。徐斩乃领兵断南军粮道，郑承恩只得亲自率众押解粮饷，朱棣命柳惜朝阻截护饷军队，拖住郑承恩。
灵壁守将闻讯来援，方开城门欲出，便被徐斩一骑刺死，振臂一呼，问守军中可有徐家旧将，身无牵挂，愿随徐斩者？数百骑应声而出，绝尘而去，与柳惜朝汇合一处，截取了南军粮饷。郑承恩败退灵壁坚守，与诸将商议突围至淮河补充粮草，传令夜里行动。
不料，徐斩当晚袭营，南军误以为大军出发，毫无戒备，以致于敌我不分，自相残杀者无数。燕军趁机围剿，郑承恩在乱兵中率部血战，徐斩见其属下多有故识，又不忍忠良之士枉死，于是让出缺口，郑承恩得以身免，不知所踪。其余主将三十七名、军官一百五十名，尽皆被俘获，投降大半，燕军自此所向无敌。
金绍武、曹震罡得知郑承恩战败，悲恸道大势已去。当即清点济南守兵，挑选三千精锐骑兵救援淮河，却为徐斩所阻，只能退守长江。旋而朱棣陆续攻入扬州、高邮、通州、泰州诸要地，金绍武、曹震罡奔走不及，各处皆望风而降。惠宗听闻朱棣渡江在即，惊慌不已，与方孝孺商议后，乃令齐泰、黄子澄等人外出募兵，号令天下勤王，并下罪己诏，遣人许以割地求和，划南北而治，朱棣胜券在握，断然拒绝。
六月初一，燕军欲从浦子口渡江，金绍武、曹震罡奋死抵抗。燕军屡战不利伤亡惨重，朱棣慑于长江天险，又素知金绍武、曹震罡乃守城名将，打算议和北还。此时，朱高煦番骑尽数来援，燕军士气大振，南军水师都督降燕。
六月三日，燕军自瓜洲渡江，击溃金绍武、曹震罡所部，二人撤回京师；六月六日，镇江守将降燕；六月八日，燕军驻扎于龙潭，兵临城外，朝廷大震。惠宗召方孝孺问计，欲逃往内地以图兴复，方孝孺道城中尚有二十万兵马应坚守待援。于是自六月九日至六月十日，陆续派曹国公李景隆、谷王朱橞、安王朱楹三次前往谈判，无果。惠宗命李景隆、徐辉祖与在京诸王守卫各门。
六月十二日，徐辉祖之弟徐增寿因怂恿徐斩投奔燕王，被指控屡次密告京中部署，欲为燕军做内应，遭文官群起围殴。六月十三日，燕军先锋徐斩抵金陵，惠宗当面质问徐增寿，徐增寿漠然不答，被惠宗诛于左顺门，徐斩所部三军恸哭，尽皆缟素。
李景隆镇守京师要冲金川门，恐遭清算，遂与谷王朱橞商议投诚。时金绍武在侧，欲杀李景隆，曹震罡阻拦道：“人为王公将相，我为败军小卒，动之乃是谋逆也！我只怕朱棣那反贼不来，来了，